I principi generali stabiliti dal d.lgs. 286/1999 per la progettazione d'insieme dei controlli interni sono:
inderogabili
obbligatori per i ministeri e derogabili da altre Amministrazioni Pubbliche
derogabili per i ministeri e obbligatori per le altre Amministrazioni Pubbliche
sempre derogabili, per comprovate ragioni organizzative