Ai sensi dell'articolo 60, comma 1 del d.lgs. 300/1999, le Agenzie fiscali sono sottoposte all'alta vigilanza:
| del Comitato Interministeriale per la programmazione economica | |
| del Consiglio dei Ministri | |
| della Corte dei conti | |
| del Ministro dell'Economia e delle Finanze |